اعمال حاکمیت دولت در ساحل‌ها و بندرها به منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم در جهت گسترش امور تجارت دریایی وارتباطات ساحلی و همچنین وصول حقوق و عوارض متداول، درمجموع قسمتی از وظایف سازمان بنادر و کشتیرانی را تشکیل می‌دهد که سابقه تنظیم تاریخی آن به ۱۲ ذیحجه سال ۱۲۲۹ برابر با ۲۵ نوامبر ۱۸۱۴ میلادی باز می‌گردد. در آن سالها در بندر بوشهر اداره‌ای به‌عنوان «شعبه گمرکات جنوب» تأسیس گردید. این اداره وظیفه داشت ضمن مراقبت از سواحل ایران از ورود و صدور کالاهای قاچاق از راه‌های دریایی جنوب نیز جلوگیری نماید و در حقیقت وظایف امور بندری و دریایی را نیز شعبه گمرکات جنوب برعهده داشت. در تاریخ ششم بهمن ماه ۱۳۰۶ شمسی تأسیسات وتجهیزات اداره بندرانزلی در شمال کشور از دولت روسیه تحویل واداره امور آن به مأمورین ایرانی سپرده شد و نیز راه آهن سرتاسری ایران، بندرترکمن را از کنار دریای خزر به بندر امام خمینی (ره) در کرانه خلیج فارس متصل ساخت.
از سال ۱۳۰۷ پس از افتتاح راه شوسه تهران-خرمشهر، بندر خرمشهر در جنوب کشور اهمیت فراوان پیدا کرد و امر تجارت دریایی آن رونق یافت و به‌منظور اداره امور بنادر کشور (اداره کل بنادر) در روز ۱۵ بهمن ماه ۱۳۱۴ در تهران تأسیس گردید و کلیهٔ امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در این زمان ضمن ایجاد بندر جدیدی در نوشهر نسبت به توسعه و تکمیل باراندازهای بندر خرمشهر و همچنین ایجاد تأسیسات بندری لازم در سایر بنادر شمال و جنوب کشور نیز اقدام گردید.
در تاریخ ۲۴ دی ماه ۱۳۱۷هیئت وزیران آئین‌نامه بندری ایران را که از طرف وزارت راه تهیه و پیشنهاد گردیده بود تصویب ومقرر گردید در بنادری که وزارت راه نماینده ندارد اداره کل گمرک به نمایندگی از طرف وزارت مذکور مجری آئین‌نامه مورد بحث باشد. درچهارم شهریور ماه ۱۳۲۵ طبق تصویب هیئت وزیران مقرر گردید که درآمد حاصل از بهره‌برداری بنادر جهت توسعه تأسیسات بندری در حساب مخصوصی منظور گردد. در سال ۱۳۲۸ بنگاه کل بنادر و کشتیرانی بجای اداره کل بنادر در وزارت راه تشکیل گردید. در تاریخ هفتم خرداد ماه ۱۳۳۱ آئین‌نامه ثبت و بهره‌برداری شناورها مشتمل بر ۱۸ ماده به تصویب هیئت وزیران رسید و براساس آن مقرر گردید که استفاده از شناورها در آبهای داخلی و ساحلی ایران موکول به ثبت آنها و اخذ گواهینامه مربوطه در یکی از بنادر ایران باشد. در سال ۱۳۳۸ براساس توافق دو وزارت راه و گمرکات وانحصارات بنگاه کل بنادر و کشتیرانی از وزارت راه به وزارت گمرکات و انحصارات منتقل گردید.
در چهارم خرداد ماه ۱۳۳۹ بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و کشتیرانی تبدیل و بر مسئولیت و اختیارات آن افزوده گردید. براساس آن، اعمال حاکمیت در آبهای ساحلی و تولیت کلیه امور بندری و دریایی کشور واجرای مقررات بندری و کشتیرانی ساحلی و مراقبت در توسعه کشتیرانی و بازرگانی و وصول حقوق و عوارض بندری و ثبت شناورهای تابع کشور بعهده آن گذاشته شد. در همین سال اداره کل بندر خرمشهر که مستقلاً انجام وظیفه می‌نمود تابع سازمان بنادر و کشتیرانی گردید.
این سازمان دردهم خرداد ماه ۱۳۴۰ به وزارت بازرگانی منتقل و در تاریخ بیستم اسفند ماه ۱۳۴۱ پس از تشکیل وزارت اقتصادی تابع این وزارتخانه شد.
در نهم آبان ماه ۱۳۴۳ قانون دریایی ایران که در ۹۱۴ ماده تنظیم گردیده بود به مورد اجرا گذارده شد و از دوازدهم تیرماه ۱۳۴۵ سازمان بنادر و کشتیرانی فعلی بر طبق قانون با کلیه کارکنان و بودجه و اموال از وزارت اقتصاد منتزع و تابع وزارت دارایی گردید. براساس قانون اختیارات مالی و استخدامی و تشکیل بنادر و گمرکات، ازتاریخ ۱۹ تیرماه ۱۳۴۸ سازمان بنادر و کشتیرانی از شمول مقررات قانون محاسبات عمومی و قانون استخدام کشوری و آئین‌نامه معاملات دولتی خارج شد و برای حفاظت انبارها، کالاها، ساختمانها و همچنین انجام اجرائیات و امور انتظامی و حفاظتی در اسکله‌ها و باراندازها، سازمانی بنام بنادر و گمرکات در وزارت دارایی پیش بینی گردید. به استناد ماده دوم قانون اختیارات آئین‌نامه دیگری که به تصویب کمیسیونهای دارایی و استخدامی مجلسین رسید، از تاریخ ۱۳ بهمن ماه ۱۳۴۸ سازمان شخصیت حقوقی پیدا نمود ووظایف و اختیارات، ارکان و تشکیلات آن اعلام گردید.
آئین‌نامه‌های معاملات مالی در تاریخ ۲۴ خرداد ماه ۱۳۴۹ و آئین‌نامه استخدامی سازمان بنادر و کشتیرانی در تاریخ ۶ مرداد ۱۳۴۹ مورد تصویب شورای عالی سازمان قرارگرفت و این سازمان در سال ۱۳۵۳ مجدداً از وزارت دارایی منتزع و به وزارت راه و ترابری انتقال یافت. در دهم اردیبهشت ۱۳۸۷ نام سازمان بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و دریانوردی تغییر کرد.
