همچنین تخلیه ۹۰ درصد بارگیری کالاهای کانتینری کشور در این مجتمع انجام می‌گیرد. این بندر در فاصله ۲۳ کیلومتری غرب بندرعباس واقع شده و با بیش از ۴۸۰۰ هکتار وسعت (محدوده عملیاتی و پس کرانه)، ظرفیت پذیرش سالانه بیش از ۸۸ میلیون تن کالا را دارد. این بندر در سال ۲۰۱۲ با ۸۰ بندر جهان، تبادل کالا انجام می‌داد. ایجاد منطقه ویژه اقتصادی بندر شهید رجایی در تاریخ ۱۳۷۶ در هیئت وزیرات تصویب شد. این بندر با برخورداری از ۱۸ دستگاه جرثقیل دروازه‌ای (گنتری کرین)، و حدود ۴۰ پست اسکله و با در اختیار داشتن بزرگترین و پیشرفته ترین ترمینال‌های کانتینری کشور، توانایی پهلودهی انواع کشتی‌های اقیانوس پیما را داراست. تا پیش از شروع تحریم‌های ایالات متحده آمریکا علیه این بندر (سال ۲۰۱۱ (میلادی))، ۳۰ خط کشتیرانی جهان، اقدام به تخلیه کالاهای خود در این بندر می‌نمودند. در تازه‌ترین رتبه‌بندی برترین بنادر جهان که در سپتامبر ۲۰۱۳ منتشر شد، بندر شهید رجایی با چند پله سقوط نسبت به گذشته، در رتبه ۵۹ جهان قرار گرفت.
حسن روحانی در دیداری که در تاریخ ۸ اسفند ۱۳۹۲ از این مجتمع داشت، وعده داد با بهره‌برداری از چند فاز توسعه این بندر، حجم تبادل کالای این بندر تا پایان دولت یازدهم به ۱٫۵ میلیون کانتینر خواهد رسید.
تحریم
با تحریم شرکت تایدواتر خاورمیانه در تاریخ ۲ تیر ۱۳۹۰ (۲۳ ژوئن ۲۰۱۱) که مسئول بارگیری و ترانزیت کالا در این بندر بود، این بندر عملاً از جرگه بنادر فعال در زمینه واردات کالا به ایران، خارج شده بود. با کنار گذاشتن این شرکت از فعالیت‌های این بندر، زمنیه تبادل کالا در این بندر از کشورهای خارجی به ایران، از ابتدای مرداد ۱۳۹۳ از سر گرفته شد.
