دادگاه بحرین در ۲۱ مه ۲۰۱۷ وی را به یک سال حبس و مصادره اموال محکوم کرد.
نیروهای بحرینی ، در ۲۳ مه ۲۰۱۷ با ورود به خانه وی ، او را بازداشت کردند ، ۲ نفر از هوادارانش را کشتند و ۱۰۰ نفر را زخمیکردند.
وزارت کشور بحرین روز ۳۱ خرداد ۱۳۹۵ در بیانیه ای با استناد به بند جیم ماده دهم قانون تابعیت بحرین، سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم را اعلام کرد. این بیانیه در حکم خود به دلایل ذیل استناد کرده است:
- مخالفت با قانون اساسی و نهادهای دولتی؛
همچنین تلاش برای ایجاد حکومت روحانیون و وکالت شرعی شیخ عیسی قاسم از مراجع تقلید شیعیان از دلایل دیگر سلب تابعیت وی است.
سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم در ایران،عراق،کویت، لبنان،کشورهای اسلامی و در سطح بین‌الملل بازتاب هایی داشت و گروه ها، موسسات، شخصیت ها و دولت ها این اقدام را تقبیح و محکوم کردند.
شیعیان بحرین در منطقه دراز با کفن تظاهرات کردندو نماینده دفتر حقوق بشر سازمان ملل اعلام کرد که سلب تابعیت از شیخ عیسی قاسم هیچ توجیهی ندارد.. همچنین سخنگوی وزارت امور خارجه آمریکا در بیانیه ای لغو تابعیت شیخ عیسی قاسم را محکوم کرد و این اقدام را موجب نگرانی واشنگتن دانست.
