به منظور رفع نابسامانی‌ها و نارسایی‌ها در بخش کشاورزی براساس قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در جهت اصلاح نظام اداری، کاهش تصدی‌های غیر ضروری، ارتقای بهره‌وری و کارایی نیروی انسانی و مدیریت دستگاه‌های اجرایی، حذف موازی کاری‌ها و تجمع امور کشاورزی، دام، توسعه و عمران روستایی لایحه ادغام وزارت جهاد سازندگی و وزارت کشاورزی و تشکیل وزارت جهاد کشاورزی توسط سازمان مدیریت و برنامه ریزی تهیه شد و در تاریخ ۲۶ مرداد ۱۳۷۹ با قید یک فوریت به مجلس شورای اسلامی رفت. این لایجه در تاریخ ۶ دی ۱۳۷۹ به تصویب نمایندگان مجلس شورای اسلامی رسید و در تاریخ ۱۰ دی ۱۳۷۹ توسط شورای نگهبان تایید شد.
نشان رسمی این وزارتخانه با الهام گرفتن از نشان جهاد سازندگی سابق، با تفاوت مختصری در شعار آن شکل گرفت. قسمت بالای این نشان آیه شریفه «قل انما اعظکم بواحدة أن تقوموا لله»، شعار مرکز این نشان، «همه با هم جهاد کشاورزی» و در قسمت زیرین این آرم، «۱۳۷۹» سال تشکیل این وزارتخانه آمده است. آیه شریف قرآنی، نماد توجه به خداوند و یادآور این نکته است که گرچه کشاورز، دانه می‌کارد، ولی این خداوند است که آب از آسمان فرو می‌فرستد، زمین را سیراب می‌کند، حاصل آن را از دل زمین بیرون می‌کشد و مواد غذایی به شکل‌های گوناگون به انسان عطا می‌کند. یال سمت راست آرم، یک خوشه گندم به شکل داس و یال سمت چپ آرم، داس به عنوان ابزار پایه جمع آوری دسترنج کشاورزان است. شعار «همه با هم» این آرم نماد همدلی مردم و وحدت در خدمت‌رسانی از سوی این وزارتخانه است. کلمه «جهاد» با تاکید بیشتر و با قلم درشت‌تر در وسط آرم درج شده است که نماد روحیه جهادی در آبادانی و تولید کشور است. کل شاکله این نشان به شکل دایره، نمادی از کشاورزی در عرصه کره خاکی است.
وزیران
- 1- محمود حجتی۱۳۷۹-۱۳۸۴
- ۲- محمدرضا اسکندری۱۳۸۴-۱۳۸۸
- ۳- صادق خلیلیان ۱۳۸۸-۱۳۹۲
۴- محمود حجتی ۱۳۹۲-1396
